企業研究開發費用加計扣除是企業進行技術開發時普遍享受的一項稅收優惠政策。企業所得稅法第三十條和企業所得稅法實施條例第九十五條有關研究開發費用的加計扣除規定為：企業開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除;形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷。
　　高新技術企業進行技術開發，投入大，適用開發費用加計扣除政策能獲得很大實惠。但在企業研究開發費用歸集上，《國家稅務總局關于印發〈企業研究開發費用稅前扣除管理辦法(試行)〉的通知》(國稅發〔2008〕116號，以下簡稱辦法)和《科技部、財政部、國家稅務總局關于印發〈高新技術企業認定管理工作指引〉的通知》(國科發火〔2008〕362號，以下簡稱指引)的規定存在差異，企業在計算可加計扣除的研究開發費用時，應遵循辦法的規定，謹慎處理。
　　辦法與指引在研究開發費用規定上，主要有以下幾項差異：
　　一是在人員人工費用規定方面，辦法所列人員人工費用為在職直接從事研發活動人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼，不包括指引所列的與任職受雇相關的其他支出，如企業為研發人員繳納的“五險一金”支出等。
　　二是在折舊費用方面，辦法所列折舊費用為專門用于研發活動的儀器、設備的折舊費租賃費，不包含指引所列研究開發項目在用建筑物的折舊費用，以及研發設施改建、改裝、裝修和修理過程中發生的長期待攤費用。
　　三是委托外部研發時，辦法要求對委托開發的項目，受托方應向委托方提供該研發項目的費用支出明細，否則，該委托開發項目的費用支出不得實行加計扣除，而指引對此沒有要求。
　　四是在其他費用方面，辦法所列其他費用包括技術圖書資料費、資料翻譯費、研發成果的論證、評審、驗收費用，不包含指引所列辦公費、通信費、專利申請維護費、高新科技研發保險費，且辦法對其他費用沒有要求不能超過總研發費用10%的比例限制。
　　此外，在費用的歸集上，目前還有不明確的地方。比如委托開發，對于包括在委托方開發費用中的受托方開發利潤是否可以作為符合條件的研發費用作加計扣除尚不明確。再如合作開發，辦法規定，對企業共同合作開發的項目，由合作各方就自身承擔的研發費用分別按照規定計算加計扣除。“合作各方自身承擔的研發費用”是各方實際支付的研發費用，還是按照合作開發協議應當承擔的研發費用尚不明確。
　　從上述兩個文件的分析比較可以看出，辦法規定的可加計扣除的研究開發費用，并非是按照指引所歸集的全部研究開發費用，按辦法歸集的研究開發費用的口徑小于指引歸集的研究開發費用。因此，高新技術企業應嚴格按照辦法的規定進行研究開發費加計扣除。