事業單位實行各項收入與支出的統一核算、統一管理，按照非應稅收入與非應稅支出計算的結余是“事業結余”；依權責發生制原則和配比原則計算的應稅收入與應稅支出的結余是“經營結余”。其中對于材料、辦公用品、低值易耗品等間接費用，需科學選擇分配標準，進行合理分攤。分清“應稅收支”和“非應稅收支”尤為重要，如果會計核算準確，那么根據國稅發[1999]65號文件有關規定，事業結余就是非應稅結余，經營結余就是應稅結余，可以直接按照企業相同稅率計算繳納企業所得稅。這是目前事業單位會計核算、納稅征繳的理想狀態。事業單位能夠按照業務性質嚴格劃分應稅收支和非應稅收支，體現稅法的公平性與合理性。但是，對于大多數事業單位來說，實際操作具有很大困難。在考慮實施的可行性和成本效益性上，多數事業單位并未達到上述要求。
　　現行事業單位按照財務會計制度規定實行收付實現制核算的情況下，收入支出沒有一一對應關系。事業單位各項收入全部納入單位預算，統一核算，統一管理。事業單位雖有經營性收入，但成本和費用無法按財務制度進行配比。“應稅收支”和“非應稅收支”不能嚴格區分，“非應稅收入”占用“應稅收入”成本現象普遍存在，致使計算企業所得稅應稅收入所得額得不到真實體現。因此，筆者在此會計核算基礎上，分別對比例分攤法、核定征收法及參考其他國家規定的幾種衍生方法優缺點進行分析。
　　（1）比例分攤法。
　　根據國稅發[1999]65號文件規定，如果事業單位對于“應稅收支”和“非應稅收支”確實難以劃分清楚，確定采取分攤比例法計算應納稅收入總額應分攤的支出項目金額。納稅單位將該核算方法報主管稅務機關備案后即可執行。“分攤比例法”是指由主管稅務機關根據事業單位的應納稅收入總額占該單位全部收人的比重作為分攤比例，分攤其全部支出中應當由納稅收人分攤的部分，并據以計算應納稅所得額。其計算公式為：應納所得稅額=（應稅收入一應稅支出）×適用稅率；應稅支出=支出總額x分攤比例；分攤比例=應稅收入÷收入總額。這種計算方法的優點是簡單易行，缺點是減弱了納稅的準確性與合理性。它不能準確反映納稅單位的實際應稅收支情況，對于非應稅收入較多且支出較大的事業單位，有可能多交企業所得稅；同樣，對于非應稅收入較少且支出較大的事業單位，有可能少交企業所得稅。
　　（2）核定征收法。
　　對不能嚴格區分“應稅收支”和“非應稅收支”的事業單位，也可以采用核定征收法計算企業所得稅。“核定征收法”是由主管稅務機關根據實際情況核定納稅人的應納稅所得額占應稅收入總額的比例。其計算公式為：應納所得稅額=應納稅所得額×適用稅率；應納稅所得額=應稅收入×應稅所得率。其中，“應稅所得率”可以由主管稅務機關根據不同事業單位處于不同行業的具體情況核定相應比率，也可以統一按照固定比例核定比率。